AI药物平台30天连跨两类分子,16/21与6/19之外,真问题在13.7微摩尔

p53-MDM2结合面又大又平,小分子药物难以稳定结合。过去几十年,这条癌症靶点的候选分子大多停在微摩尔级亲和力,真正走到临床的寥寥无几。环肽是一类比小分子大、比蛋白小的环形分子,过去十几年正是在啃这类蛋白-蛋白相互作用(PPI)靶点时被反复押注。在WAIC 2026现场,分子之心公布其AI大分子设计平台MMDesign在两个PPI靶点上的环肽从头设计结果:p53-MDM2一项,平台首轮生成21条候选分子,湿实验(实验室合成与测试)确认其中16条能与靶点结合,首轮命中率超过70%,最佳结合力(KD)为13.7微摩尔,公司称优于同期实验阳性对照。PD-L1一项,首轮19条候选分子中6条经SPR(表面等离子体共振)实验确认可与靶点结合,最佳KD接近40微摩尔。

需要说明的是,以上数字由分子之心提供,量子位获授权转载,并非独立调查报道。三家中文科技媒体(量子位、新浪科技、网易科技)在WAIC窗口同步报道了同一组数字,数字一致提高了报道可信度,但仍属"同源公司披露"被多渠道搬运的格局。湿实验数字目前没有独立第三方复现,也没有同行评议或期刊论文支撑。

把"21条候选里16条命中"翻译一下:等于平台每设计100条候选分子,大约70条能在实验室被合成并测出与靶点结合。这个数字对AI驱动的分子设计是显著的速度优势,传统环肽筛选往往要在上千条候选里淘出少量结合物。KD值的口径是另一回事:13.7微摩尔意味着分子与靶点的结合还不够紧。对PPI靶点而言,真正具备成药潜力的环肽通常要把KD压到纳摩尔级,比13.7微摩尔再紧上千倍。40微摩尔在PD-L1上则更远,接近平台当前能稳定命中的上限。

把时间线拉宽,这一结果落在分子之心30天前的一次同类型公告之后。约一个月前(2026年6月),公司公布MMDesign在十余个真实治疗靶点的纳米抗体从头设计上,单靶点候选数不超过50的条件下,稳定获得纳摩尔至皮摩尔级亲和力分子。纳米抗体和环肽在结构上几乎没有共同点:前者是一类小型抗体片段,后者是合成的环形肽链;前者靠与靶点的三维表面贴合,后者用环形骨架"卡"住结合面。同一平台在30天里先后跑通两种模态,至少说明模型学到的不只是某一种分子的"形状套路"。

分子之心创始人许锦波把这一跨模态进展归入"AI4S(AI for Science)"框架,定调"AI生物药研发的关键在于建立生成、计算、实验、迭代闭环",并称行业已从"单点模型、单项任务"竞争迈向"系统性科学发现能力"竞争。这是公司立场陈述,不是第三方对模型能力的独立验证。公司同时表示MMDesign能力已集成至其自研AI大分子设计操作系统MoleculdOS,并"计划"逐步面向药企、高校、科研院所和创新团队开放合作,这里用的是"计划",不是"已经"。

30天跨两类分子这件事意味着什么?有几条线要等下一份披露才能收紧。

第一,亲和力天花板。13.7微摩尔是公司目前公开的最佳结果,40微摩尔是更难靶点上的最佳结果。下一份披露要回答的问题是:在不显著放大候选规模(比如继续控制在50条以内)的前提下,平台能否把p53-MDM2的最佳KD推进到1微摩尔以下,以及把PD-L1的最佳KD至少推进到10微摩尔以下。没有这一步,平台速度优势很难转化为成药候选。

第二,样本量。21条和19条候选都是首轮单点实验的样本,不足以反映平台在多轮迭代后的稳定性。下一份披露如果能展示一次"首轮低命中、迭代后命中"或者"首轮高命中、复现仍然高命中"的情形,会比单次首发更有说服力。

第三,跨模态的硬检验。纳米抗体和环肽都属于"小型结合体",下一个值得追问的模态是小分子(small molecule),也就是一类完全不同的化学空间。如果MMDesign能在下一次披露中以同等候选数量门槛在小分子上跑出可比首轮命中率,跨模态的说法才真正站住。

第四,独立复现。目前所有湿实验数字均来自公司自报并经量子位获授权转载,尚无第三方实验室按公开方案复现的记录。对AI驱动的早期发现,这一缺口常见,但对"全球同类工作领先水平"这一表述,缺少第三方复现意味着读者只能采信公司自己的对比口径。公司称参照"全球公开报道的AI多肽从头设计结果"做了对标,但未公开具体的横向比较清单。

第五,PD-L1的明显弱势。同样在MMDesign平台上,PD-L1首轮命中率(6/19)远低于p53-MDM2(16/21),最佳KD也弱了约3倍。两条靶点结果并列出现,差异在原文中没有进一步解释:是p53-MDM2的结合面相对更规整、平台对其学习得更好,还是PD-L1存在样本偏差或测试条件差异,这一点本身需要被点出来。

WAIC 2026的同期(7月18日),科学智能开放论坛也在隔壁会场举行,瓦谢尔、布拉萨德、王坚、范剑青四位科学家的主旨演讲主题为"AI原生时代的科学闭环发现"。这一议程为分子之心的披露提供了宏观背景,但与本组湿实验数据属于不同事件,不在同一证据链上。

回到那句最容易记住的数字:16/21。30天前是纳米抗体(纳摩尔至皮摩尔级亲和力),今天是环肽(13.7微摩尔)。两者之间差着大约三到四个数量级。读者可以从这里分出两种读法:乐观读法是,跨模态的速度优势已经展示出来,接下来是密度问题;审慎读法是,环肽上的微摩尔级亲和力本身,就是这条故事线最值得被点出来的现实距离。